Program Pascasrjana program studi Manajemen Pendidikan berdiri untuk memenuhi kebutuhan masyarakat yang ingin memiliki keahlian dalam bidang manajerial non pengajaran. Tanggal 31 Juli 2009 berdasarkan Surat Keputusan Departemen Pendidikan Nasional Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi Nomor 1266/D/T/2009 Perihal Ijin Penyelenggaraan, Universitas Gresik Mendapat Ijin Penyelenggaraan Program Studi Manajemen Pendidikan Jenjang Program Pascasarjana (S2) dan secara resmi menerima mahasiswa angkatan pertama.